一、经财政部和国家税务总局批准的总机构试点纳税人，及其分支机构按照本办法的规定计算缴纳增值税。
二、总机构应当汇总计算总机构以及其分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应交增值税,分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务已缴纳的增值税和营业税税款后，在总机构所在地解缴入库。总机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定申报缴纳增值税。
三、总机构的汇总应征增值税销售额由以下两部分组成：
（一）总机构及其试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的应征增值税销售额；
（二）非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的销售额。计算公式如下：
销售额＝应税服务的营业额÷（1＋增值税适用税率）
应税服务的营业额，是指非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务的营业额。增值税适用税率，是指《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称《试点实施办法》）规定的增值税适用税率。
四、总机构汇总的销项税额，按照本办法第三条规定的应征增值税销售额和《试点实施办法》规定的增值税适用税率计算。
五、总机构汇总的进项税额，是指总机构及其分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物或者接受加工修理修配劳务和应税服务，支付或者负担的增值税税额。总机构及其分支机构用于发生《应税服务范围注释》所列业务之外的进项税额不得汇总。
六、试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照应征增值税销售额和预征率计算缴纳增值税。计算公式如下：
应缴纳的增值税＝应征增值税销售额×预征率
预征率由财政部和国家税务总局规定，并适时予以调整。
试点地区分支机构和非试点地区分支机构销售货物、提供加工修理修配劳务，按照增值税暂行条例及相关规定就地申报缴纳增值税；非试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按照现行规定申报缴纳营业税。
七、分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务当期已缴纳的增值税和营业税税款，允许在总机构当期增值税应纳税额中抵减，抵减不完的，可以结转下期继续抵减。
八、总机构以及试点地区分支机构的其他增值税涉税事项，按照《财政部 国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》（财税[2011]111号）及其他增值税有关政策执行。
九、总分机构试点纳税人增值税具体管理办法由国家税务总局另行制定。
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常见法律问题
总分机构如何计算缴纳增值税？
根据暂行办法，经批准的总机构试点纳税人需汇总计算其及所有分支机构从事《应税服务范围注释》所列业务的应交增值税。具体流程分三步：首先，总机构汇总应征增值税销售额，包括总机构及试点地区分支机构直接发生的应税服务销售额，以及非试点地区分支机构按公式换算后的销售额（销售额=应税服务营业额÷（1+增值税适用税率））。其次，总机构汇总销项税额（按适用税率计算）和汇总进项税额（仅限为发生应税服务而购进货物、接受应税服务支付的增值税，其他进项不得汇总）。最后，总机构在汇总销项减去汇总进项后的应纳税额中，允许抵减各分支机构已缴纳的增值税和营业税税款（当期未抵完可结转下期）。抵减后的余额在总机构所在地解缴入库。实务操作中，需注意：试点地区分支机构应按预征率就地预缴增值税，非试点地区分支机构仍按原营业税规定申报缴纳，但税款均可汇总抵减；总机构需确保汇总进项税额的发票合规、用途明确，避免因无法区分应税服务与非应税服务进项导致税务争议；同时应关注预征率可能调整，及时调整财务核算。
试点与非试点地区分支机构有何不同？
在总分机构增值税计算缴纳框架下，试点地区分支机构与非试点地区分支机构存在显著差异：第一，纳税方式不同。试点地区分支机构发生《应税服务范围注释》所列业务，按应征增值税销售额和财政部、国家税务总局规定的预征率就地计算缴纳增值税（公式：应缴增值税=应征增值税销售额×预征率）；而非试点地区分支机构发生同类业务，则继续按原营业税规定申报缴纳营业税，不适用增值税预征。第二，销售额换算方式不同。试点地区分支机构直接以应税服务销售额（不含税）计入汇总；非试点地区分支机构需将其营业额按公式换算为不含税销售额（销售额=营业额÷（1+增值税适用税率）），再纳入总机构汇总销售额。第三，进项税处理不同。试点地区分支机构可开具增值税专用发票并抵扣进项，其进项税额在符合条件时可汇总到总机构；非试点地区分支机构因缴纳营业税，其购买货物或服务取得的增值税专用发票通常不能用于抵扣，仅能作为成本费用。第四，税款抵减规则相同。无论分支机构为何种类型，其当期已缴纳的增值税或营业税税款，均可在总机构汇总应纳税额中抵减，抵减不完结转下期。实务中，企业需清晰区分分支机构所在地的试点政策，准确核算应税服务与非应税服务的收入，避免因税种混淆导致申报错误；同时应关注非试点地区分支机构转为试点后的衔接问题，如已缴营业税的抵扣凭证管理。
进项税额如何汇总和抵扣？
根据暂行办法，总机构汇总的进项税额仅限于其及分支机构因发生《应税服务范围注释》所列业务而购进货物、接受加工修理修配劳务和应税服务并支付或负担的增值税税额。汇总进项税额的具体操作要点如下：第一，范围限定。只有与应税服务直接相关的进项才能纳入汇总，例如为提供交通运输服务而购买的车辆燃油、维修费、通行费，或为现代服务业提供咨询而租赁办公场所、购买软件等。用于销售货物、提供加工修理修配劳务或其他非应税业务的进项税额，不得汇总，应由相应主体单独核算并抵扣。第二，抵扣凭证。进项税额需凭合法有效的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书、农产品收购发票等扣税凭证，且发票信息必须与真实交易一致，发票抬头应为总机构或分支机构名称。第三，汇总程序。总机构在计算汇总应纳税额时，将各分支机构符合条件的进项税额加总，与汇总销项税额相抵。需注意，分支机构已按预征率预缴的增值税不能重复抵扣，但预缴税款本身可在总机构应纳税额中抵减。第四，风险提示。实务中常见争议焦点包括：如何界定“与应税服务相关”的进项，如共用资产（如办公楼、车辆）的进项需按实际使用比例分摊；分支机构未取得合规发票但已付款的进项能否扣除；以及汇总进项税额与分支机构独立进项税额的账务衔接。建议企业建立总分机构进项税台账，定期核对发票与业务，确保汇总数据准确无误，避免因进项归属不清被税务机关调整。
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